با تبدیل آموزشگاه عالی بهداری در سال 1328 به دانشکده پزشکی ، نخستین گام در راه تاسیس سومین دانشگاه ایران در شهر مقدس مشهد برداشته شد
در سال 1334 با صدور مجوز دیگری دانشکده ادبیات با پنج رشته جداگانه تاسیس یافت . با گسترش آموزش عالی در کشور به ترتیب دانشکده معقول و منقول (که بعدأبه الهیات تغییر نام یافت ) دانشکده علوم ، دانشکده دندانپزشکی ، دوره شبانه ، دانشکده علوم دارویی و تغذیه ، دانشکده علوم تربیتی و روانشناسی ، دانشکده کشاورزی ، دانشکده مهندسی ، مؤسسه بینایی سنجی ، دبیرستان دانشگاه و مرکز تعلیمات به مجموعه دانشگاه مشهد که ازسال 1353 به دانشگاه فردوسی تغییر نام یافته بود افزوده شد .
ضرورت گسترش آموزش پس از انقلاب اسلامی سبب شد که پس از تغییردر برخی واحدهاو تفکیک دانشگاه علوم پزشکی از دانشگاه فردوسی مشهد ، دانشکده علوم اداری و اقتصادی ، دانشکده دامپزشکی، آموزشکده کشاورزی شیروان ، دانشکده تربیت بدنی و علوم ورزشی ، دانشکده علوم ریاضی ، پژوهشکده علوم گیاهی ، مرکز تحقیقات زمین لرزه شناسی ، کالج دانشگاه ، دانشکده منابع طبیعی و محیط زیست ،و دانشکده معماری و شهرسازی و هنر اسلامی، یکی پس از دیگری به مجموعه واحدهای دانشگاه اضافه شود.
بر اساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی مجتمع آموزش عالی نیشابور در سال 1388 و در سال 1392 آموزشکده کشاورزی شیروان از دانشگاه فردوسی تفکیک شدند .
دانشگاه فردوسی مشهد به عنوان سومین دانشگاه کشور از نظر قدمت پس از دانشگاه های تهران و تبریز در حال حاضر شصت و هفتمین سال فعالیتش را سپری می کند.
بر اساس چشم‌انداز سند راهبردی دانشگاه فردوسی مشهد، این دانشگاه در سال 1399 یکی از دو دانشگاه برتر جامع کشور در تولید علم، نظریه پردازی و توسعه فناوری، برخوردار از جایگاه معتبر در بین 10 دانشگاه اول جهان اسلام و جزء 500 دانشگاه ممتاز جهان با هویتی اسلامی- ایرانی است.
در سال1394شمسی و 2015 میلادی، دانشگاه فردوسی مشهد بر اساس نتایج نظام رتبه‌بندی ملی ISC جایگاه سوم را در میان دانشگاههای جامع کشور داشته است. همچنین بر اساس نتایج نظام رتبه‌بندی همین پایگاه در میان دانشگاه جهان اسلام رتبه 35 و در میان دانشگاههای جهان بر اساس نظام رتبه بندی لاین و با شاخص تعداد مقالات متشر شده در مجلات علمی رتبه 537 را در سال 2016 کسب نموده است.
در حال حاضر بیش از 20 هزار دانشجو در این دانشگاه مشغول به تحصیل هستند که حدود 3900 نفر در مقطع دکتری و حدود 6500 نفر در مقطع کارشناسی ارشد و بقیه در مقطع کارشناسی مشغول به ادامه تحصیل هستند که بدین ترتیب بیش از نیمی از دانشجویان دانشگاه فردوسی مشهد را دانشجویان تحصیلات تکمیلی تشکیل می دهند.
بیش از 800 نفر عضو هیات علمی در دانشگاه مشغول فعالیت هستند که بیش از 780 نفر از آنان دارای مدرک Ph.D. و بیش از 190 نفر از اعضای هیات علمی دانشگاه دارای رتبه استادی یا پروفسوری هستند.
دانشگاه فردوسی مشهد در راستای همکاری های علمی و آموزشی بین المللی موفق گردیده است بیش از 1300 دانشجوی غیر ایرانی را از سراسر جهان بپذیرد که از این حیث مقام اول را در کشور به خود اختصاص داده است.
در طی دو سال اخیر این دانشگاه فعالیت گسترده ای در زمینه های مختلف برای پژوهش بویژه در زمینه های بیوتکنولوژی انرژی خورشیدی انرژی باد و برخی نیازهای کلیدی کشور را آغاز نموده به طوری که در برخی از پروژه های کلان کشوری به میزان نقش اصلی یا همکار اصلی مشغول فعالیت است که تاکنون منجر به ایجاد پژوهشگاه های هوا خورشید، نفت و گاز ، مطالعات اسلامی در علوم انسانی و بعضی از پژوهشکده ها و هسته های پژوهشی تخصصی دیگر شده است.
از نظر فعالیت های پژوهشی کارنامه پژوهشی دانشگاه فردوسی مشهد در سال 1394 عبارت است از: 3152 مقاله منتشر شده در مجلات علمی که 1150 عنوان از این مقالات در مجلات ISI منتشر گردیده اند. 2155 عنوان پایان نامه، 162 عنوان کتاب و 11 اختراع از دیگر افتخارات پژوهشی دانشگاه به شمار می آید.
مدیریت دانشگاه شامل : ریاست دانشگاه و معاونان آموزشی و تحصیلات تکمیلی ، پژوهش و فناوری ، اداری و مالی ، دانشجویی ، فرهنگی و اجتماعی و طرح و برنامه است که بر اساس تشکیلات سازمانی مصوب محور اصلی کلیه امور ، کارکردو اتخاذ تصمیمات دانشگاه می باشند .
همچنین نهادهای فرهنگی مانند : دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری ، تشکلهای اسلامی دانشجویی و هیأت علمی ، انجمن های علمی و قطب های علمی همگام با مدیریت ، دانشگاه را در انجام رسالت های خود یاری می نمایند.